[조세전략] 공익법인의 고유목적사업준비금 설정에 따른 조세부담의 감소

공익법인은 그 성격상 영리를 목적으로 하지 않고 사회 일반의 공익활동을 수행하는 특징이 있습니다. 공익법인은 비영리법인으로 고유목적사업인 공익사업에 대하여는 조세를 부담하지 않으며 법인세법 상 열거된 수익사업을 영위하는 경우에만 조세를 부담하게 됩니다. 그러나 공익법인의 이러한 수익사업은 통상 공익사업의 수행을 위한 재원마련의 성격을 가지며 따라서 조세법에서는 이러한 공익법인의 성격을 반영하여 공익법인이 수행하는 수익사업의 조세의 부담을 경감하기 위한 지원제도를 두고 있습니다. 고유목적사업준비금은 법인세법과 조세특례제한법에 의한 공익법인에 대한 지원으로 관련 조세법상 규정은 아래와 같습니다.

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법인세법 제29조(비영리내국법인의 고유목적사업준비금의 손금산입) ① 비영리내국법인(법인으로 보는 단체의 경우에는 대통령령으로 정하는 단체만 해당한다. 이하 이 조에서 같다)이 각 사업연도의 결산을 확정할 때 그 법인의 고유목적사업이나 지정기부금(이하 이 조에서 "고유목적사업등"이라 한다)에 지출하기 위하여 고유목적사업준비금을 손비로 계상한 경우에는 다음 각 호의 구분에 따른 금액의 합계액(제2호에 따른 수익사업에서 결손금이 발생한 경우에는 제1호 각 목의 금액의 합계액에서 그 결손금 상당액을 차감한 금액을 말한다)의 범위에서 그 계상한 고유목적사업준비금을 해당 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입한다. <개정 2018. 12. 24.>

1. 다음 각 목의 금액

가. 「소득세법」 제16조제1항 각 호(같은 항 제11호에 따른 비영업대금의 이익은 제외한다)에 따른 이자소득의 금액

나. 「소득세법」 제17조제1항 각 호에 따른 배당소득의 금액. 다만, 「상속세 및 증여세법」 제16조 또는 제48조에 따라 상속세 과세가액 또는 증여세 과세가액에 산입되거나 증여세가 부과되는 주식등으로부터 발생한 배당소득의 금액은 제외한다.

다. 특별법에 따라 설립된 비영리내국법인이 해당 법률에 따른 복지사업으로서 그 회원이나 조합원에게 대출한 융자금에서 발생한 이자금액

2. 그 밖의 수익사업에서 발생한 소득에 100분의 50(「공익법인의 설립ㆍ운영에 관한 법률」에 따라 설립된 법인으로서 고유목적사업등에 대한 지출액 중 100분의 50 이상의 금액을 장학금으로 지출하는 법인의 경우에는 100분의 80)을 곱하여 산출한 금액

<이하생략>

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조세특례제한법 74조(고유목적사업준비금의 손금산입특례) ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 법인에 대해서는 2022년 12월 31일 이전에 끝나는 사업연도까지 「법인세법」 제29조를 적용하는 경우 같은 조 제1항제2호에도 불구하고 해당 법인의 수익사업(이 항 제4호 및 제5호의 경우에는 해당 사업과 해당 사업 시설에서 그 시설을 이용하는 자를 대상으로 하는 수익사업만 해당한다)에서 발생한 소득을 고유목적사업준비금으로 손금에 산입할 수 있다. <개정 2010. 12. 27., 2011. 7. 25., 2011. 12. 31., 2012. 1. 26., 2013. 1. 1., 2014. 1. 1., 2014. 12. 23., 2015. 12. 15., 2016. 5. 29., 2016. 12. 20., 2017. 12. 19., 2018. 12. 24., 2019. 12. 31.>

1. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 법인

가. 「사립학교법」에 따른 학교법인

<생략>

2. 「사회복지사업법」에 따른 사회복지법인

<이하생략>

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법인세법 제4조는 공익법인의 고정자산의 처분으로 인하여 생기는 수입은 원칙적으로 법인세 과세소득의 범위에 포함되나 다만 “해당 고정자산의 처분일 현재 3년 이상 계속하여 고유목적사업에 직접 사용한 고정자산’”의 처분으로 인하여 생기는 수입은 과세소득의 범위에서 제외하는 것으로 규정하고 있습니다. 여기서 “고유목적사업에 직접 사용”한다는 문구와 관련하여서는 고유목적사업의 범위, 해당 고정자산의 이용상황, 직접 또는 간접사용의 여부 등이 면밀히 검토될 필요가 있으며 또한 “3년 이상 계속하여”의 경우 역시 실무상 심도 있는 검토가 요구되나 본 사례에서는 논외로 합니다.

본 건 사례 공익법인 ♤♤♤은 고유목적사업에 3년이상 직접 사용하지 않은 고정자산을 양도하였으며 양도에 따른 수입은 법인세법 제3조 상 수익사업의 수입금액에 해당하여 법인세를 부담하여야 하는 상황이었습니다. 그러나 동 고정자산의 처분금액은 처분일 이후 고유목적사업에 전부 사용될 것이 자명하였던 바 따라서 동사는 법인세법 및 조세특례제한법 상 고유목적사업준비금의 설정을 통하여 조세부담을 줄이고 동 재원을 고유목적사업에 투입할 수 있었습니다.

법인세법 상 고유목적사업준비금은 최초 설정 후 임의로 환입되거나 또는 5년 이내에 사용되어야 하며 미사용 잔액은 다시 수익사업 소득금액으로 환입되어 법인세가 과세됩니다. 또한 이 경우 환입시까지의 가산금도 함께 부과되므로 고유목적사업준비금의 설정과 사용에 따라 법인세의 부담 금액이 변동하게 됩니다. 따라서 고유목적사업준비금의 설정 여부는 향후 고유목적사업의 사업 추진계획, 자금소요 및 운용 계획, 조세부담, 수익사업의 손익 등을 종합적으로 고려하여 결정되어야 하며 고유목적사업준비금의 설정 이후에는 준비금의 사용 및 환입과 관련하여 지속적인 관리가 요구됩니다.

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법인, 대법원2013두1829 , 2013.05.23 , 완료

[ 제 목 ]

고정자산의 처분일 현재 3년 이상 계속하여 고유목적사업에 직접 사용한 경우 비영리법인의 과세소득에서 제외됨

[ 요 지 ]

고정자산의 처분일 현재 3년 이상 계속하여 고유목적사업에 직접 사용한 경우 비영리법인의 과세소득에서 제외되는 것이나, 원고는 이 사건 토지 처분 당시 3년 이상 계속 고유목적사업에 직접 사용하지 않았으므로 그 처분으로 생긴 수입을 비과세소득으로 볼 수 없음

[ 판결내용 ]

주 문

상고를 기각한다.

상고비용은 원고가 부담한다.

이 유

상고이유를 판단한다.

1. 상고이유 제1점에 대하여

구 법인세법(2008. 12. 26. 법률 제9267호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘법인세법’이라 한다.) 제3조 제2항 제5호는 ‘고정자산의 처분으로 인하여 생기는 수입’을 비영리내국법인의 각 사업연도 소득의 하나로 규정하면서, 그 괄호 규정에서 “고유목적사업에 직접 사용하는 고정자산으로서 대통령령이 정하는 것을 제외한다.”고 규정함으로써 비과세대상의 범위를 대통령령이 정하도록 위임하고 있다. 그 위임에 따른 구 법인세법 시행령(2009. 2. 4. 대통령령 제21302호로 개정되기 전의 것) 제2조 제2항 전문(이하 ‘이 사건 시행령 조항’이라 한다.)은 “법 제3조 제2항 제5호에서 ‘대통령령이 정하는 것’이라 함은 당해 고정자산의 처분일 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업(제1항의 규정에 해당하는 수익사업은 제외한다.)에 직접 사용한 것을 말한다.”고 규정하고 있다. 어느 시행령의 규정이 모법의 위임범위를 벗어난 것인지 여부를 판단함에 있어서 중요한 기준 중 하나는 예측가능성인바, 이는 당해 시행령의 내용이 이미 모법에서 구체적으로 위임되어 있는 사항을 규정한 것으로서 누구라도 모법 자체로부터 그 위임된 내용의 대강을 예측할 수 있는 범위 내에 속한 것이어야 함을 의미하고, 이러한 예측가능성의 유무는 당해 특정조항 하나만을 가지고 판단할 것은 아니고 법률의 입법 취지 등을 고려하여 관련 법조항 전체를 유기적・체계적으로 종합하여 판단하여야 한다(대법원 2008. 11. 27. 선고 2006두19570 판결 등 참조). 이 사건 시행령 조항의 위임규정인 법인세법 제3조 제2항 제5호 괄호 규정이 ‘고유목적사업에 직접 사용하는 고정자산’이라고 규정함으로써 그 문언상으로도 비과세대상이 될 수 있는 범위를 어느 정도 한정하고 있는 점, 일정한 범위 내에서 비영리내국법인의 고정자산 처분 수입에 대하여 비과세하도록 규정한 것은 비영리내국법인으로 하여금 상당한 기간 동안 부동산과 같은 고정자산을 고유목적사업에 직접 사용하도록 유도하는 데에 그 취지가 있는 점, 소득세법・지방세법・조세특례제한법 등도 비영리단체의 자산에 관하여 비과세를 규정하는 경우 일정한 기간 동안 그 고유목적사업에 직접 사용할 것을 요건으로 하고 있는 점 등을 유기적・체계적으로 종합하여 보면, 법인세법 제3조 제2항 제5호 괄호 규정의 위임에 의하여 대통령령에서 정하여질 내용은 고정자산의 처분 당시 그 고유목적사업에 직접 사용한 기간 등과 같은 사항이 될 것임을 충분히 예측할 수 있고, 이 사건 시행령 조항도 그러한 위임의 범위 내에서 비과세소득의 대상이 될 수 있는 고정자산의 요건 등을 규정하고 있으므로, 이 사건 시행령 조항은 위임의 범위와 한계를 벗어난 무효의 규정이라고 할 수 없다. 원심이 이 사건 시행령 조항이 유효함을 전제로 하여, 비영리내국법인인 원고가 고정자산인 이 사건 쟁점 토지를 처분할 당시 3년 이상 계속하여 고유목적사업에 직접 사용하지 아니하였으므로 그 처분으로 인하여 생긴 수입을 비과세소득으로 볼 수 없다는 이유로 원고에게 그 수입에 관하여 법인세를 부과한 이 사건 처분이 적법하다고 판단한 것은 정당하고, 거기에 상고이유로 주장하는 바와 같은 위임입법의 한계에 관한 법리오해 등의 위법이 없다.

2. 상고이유 제2점에 대하여

세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 사유 없이 법에 규정된 신고ㆍ납세의무 등을 위반한 경우에 법이 정하는 바에 의하여 부과하는 행정상의 제재로서, 납세자의 고의ㆍ과실은 고려되지 아니하고, 법령의 부지 또는 오인은 그 정당한 사유에 해당한다고 볼 수 없다(대법원 2006. 10. 26. 선고 2005두3714 판결 등 참조). 원심이 같은 취지에서, 원고가 이 사건 토지를 양도하여 소득을 실현하였음에도 그로 인한 법인세를 신고・납부하지 않은 것은 법인세법 시행령 제2조 제2항에 대한 법률적 부지나 오해에 불과하여 그 의무이행을 게을리 한 것이 가산세를 면할 수 있는 정당한 사유에 해당하지 않는다고 판단한 것은 정당하고, 거기에 상고이유로 주장하는 바와 같은 가산세를 면할 정당한 사유에 관한 법리오해 등의 위법이 없다.

3. 결론

상고를 기각하고 상고비용은 패소자가 부담하도록 하여, 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.